在母亲的帮助下，十七岁的噶尔丹回到了准噶尔，在喀喇额尔奇斯河畔的富蕴地区招兵买马。
本以为只要竖起大旗，僧格的旧部便会纷纷来投。不料，驻守叉力失的戴巴图尔、驻守吐鲁番的格隆阿喇儿拜、阿巴哈、马罕虽然表示了对他的支持，却面临着明军大军压境的威胁，不敢率军会合。
他又向僧格的岳丈和硕特部的鄂齐尔图汗求援，毕竟是血浓于水一家人嘛。老鄂齐尔图倒是满口答应，不料正准备出兵救援，好巧不巧地，忽然身体不适，病了，卧床不起。人都下不了床，自然没有救兵可发。
招来招去，除了原先格隆、博罗特的五百人外，不过又招了一千兵马。
葛尔丹并不气馁，认真整编训练这一千五百部下，又从中挑选了鄂木布、达尔汗、阿尤吉达尔汗哈什克、丹济拉等勇猛善战之士为将。
训练了一个月后，年轻的噶尔丹便准备向自己的仇人车臣和卓特巴巴图尔发起进攻。区区一千多兵马，相对于那二人的势力来说，实在是太弱小了。但他毫不畏惧，誓要和仇人血战一场。
“珲台吉，咱们兵马不足，此时不宜与二贼决战，应该先整顿兵马、静观其变呀”。
“是啊，珲台吉，准噶尔的人心都向着您，只要您慢慢地积蓄力量，一定会有报仇雪恨的那一天”。
诸将皆被噶尔丹的大胆惊呆了，面面相觑了一会儿，纷纷劝阻。
“非也，车臣和卓特巴巴图尔二贼，得位不正，根基浅薄，更需要时间稳定局势。兵贵神速，不可给他们巩固统治的时间。当速击之！”
初生牛犊不畏虎，年轻的珲台吉自有一股霸气。
他力排众议，命令向仇人、自己的两个同父异母的哥哥发起进攻。
听说六弟噶尔丹仅带着一千多人打回来了，车臣不屑地一笑，“乳臭未干的小毛孩子，知道怎么打仗吗？”
集结了一万五千兵马迎战。
噶尔丹的军队与车臣、卓特巴巴图尔的军队在博克塞里东部的盆地相遇了。车臣、卓特巴巴图尔二人的军队数量是噶尔丹的十倍。
望着黑压压、一眼望不到头的敌人，诸将不禁有些彷徨。
噶尔丹拿出了心爱的丈二长枪，视十倍于己的敌人如土鸡瓦狗。
他跃马挺枪，高呼着：“汝等视吾枪所向！”身先士卒，突入阵中，斩杀百余人。
见主帅如此，格隆、博罗特、鄂木布、达尔汗、阿尤吉达尔汗哈什克、丹济拉诸将，个个奋勇。
任何战争，人数都不是最重要的，士气的高低往往决定胜负。
噶尔丹这边，人人起了拼命之心，奋不顾身、一往无前。车臣和卓特巴巴图尔的军队数量虽多，却不敢搏命，十倍于敌，居然抵挡不住而溃散。两人无奈，率军退守险峻的金岭口。
此战以少胜多、以一败十，战后，噶尔丹名声大噪，被部下视为战神。
他并不满足首战的战果，继续追击敌人，攻打金岭口。
“放礌石！”
车臣大吼，守军扔下了一块块大石头，“石如雨下”，中者立成齑粉，无人敢上。
“珲台吉，末将无能，请您责罚！”鄂木布满脸羞惭地退下请罪。
噶尔丹仰望地形，半晌说道：“此地甚险，大军施展不开，不怪汝。攻打此地，大军无用，只需精选二十锐士即可。汝在此擂鼓，予自率二十人拔之”。
鄂木布大惊，“珲台吉，您身份尊贵，还是让末将去吧”。
“儿郎们替予舍身忘死，予岂敢不当先？”
十七岁的噶尔丹，再次爆发出了英雄气，率二十锐士，率先登山。部下见其如此神勇，士气大振，呼声震天，跟随前进。
“嘭嘭嘭！”
不断有士卒被石头砸中。
噶尔丹视如未见，冒着矢石亲上，快至山顶，枪杆一点地，猛地一撑，跃至山顶。
山顶处，正在督战的车臣大恐，欲待逃跑，噶尔丹长枪似电，连杀数十亲卫，点中车臣大腿，擒之。
主帅被擒，叛军再无斗志，做鸟兽散。
卓特巴巴图尔刚逃回博克塞里，噶尔丹的追兵便来了。
此时的他已成丧家之犬，再不敢战，率残部投奔叔父楚琥尔乌巴什。
这场平叛战争，仅用几个月便结束了，以致于在一旁悄悄观战的罗刹人形容：“这是异常迅速的，几乎是闪电般的对付手法”。
进入博克塞里城的噶尔丹并没有发飘，而是采用种种措施，巩固自己的统治。
他当众处死了车臣，为兄长僧格报仇，根据蒙古的惯例，娶了寡嫂阿奴，以便更好地继承僧格的旧部，又以阿奴的名义给阿奴的祖父和硕特部的鄂齐尔图汗写信，希望能得到和硕特部的支持。再向杜尔伯特部阿拉达尔台吉、和硕特部丹津台吉、土尔扈特部衮布台吉、辉特部厄勒丹台什台吉通传了自己继准噶尔珲台吉之位的消息，希望得到漠西蒙古诸部的承认。
甚至不顾旧怨，给大明光武皇帝、罗刹国托木斯克的督军也写了信、派了使臣。言词十分谦卑，能曲能伸，真乃一代枭雄。
僧格的旧部戴巴图尔、格隆阿喇儿拜、阿巴哈、马罕纷纷来投，噶尔丹的势力越来越大。
现在，整个准噶尔内部，他只剩下了一个敌人：叔父楚琥尔乌巴什。
老谋深算的叔父，趁僧格死去的良机，收编了部分僧格的部众，扩充了领地，增加了常备军数量，已成为准噶尔内最大的割据势力。
噶尔丹和楚琥尔乌巴什的矛盾是不可调和的。有人说楚琥尔乌巴什是僧格之死的幕后主谋；又有人说楚琥尔乌巴什的二儿子哈巴班第与僧格有隙。但最重要的是这位叔父是绰多斯家族实力最强大的贵族，是噶尔丹集权的障碍，一座山里容不下两只猛虎。
先礼后兵！
彬彬有礼的侄儿给年迈的叔父写了一封信，告诉他自己继了准噶尔珲台吉之位，要他献上谋害僧格的凶手卓特巴巴图尔之头，并来博克塞里朝觐自己。