大蛇丸从志村团藏手中要过了波风水门的所有权，并且亲手破解了根部留在波风水门身上的封印术。
在解开封印术的时候，大蛇丸深深地看了波风水门一眼。
波风水门很坦然的和大蛇丸对视。
大蛇丸没说什么，只是嘴角上翘。
看来自己的这个弟子也不是什么老实人。
作为忍界的科学家，最显著的特点就是什么都懂一些，而且都很精通。
大蛇丸从波风水门的封印上看出了漩涡一族封印术的痕迹。
再联想到这个孩子是自来也的弟子波风水门救回来的，所以他觉得这个孩子身上的封印一定是波风水门动了手脚，也许不愿意看到一个和自己的境遇很像的平民忍者真的陷入根部的泥潭中，最后不了了之。
大蛇丸猜测的很准确，这些封印的确是波风水门根据漩涡一族的封印修改的，只不过这个波风水门是另一个世界的自来也的弟子，也是另一个漩涡一族培养的自己家的姑爷。
自从被大蛇丸收为弟子，波风水门也不用再执行根部的任务。
虽然根部的带队队长把志村团藏的新任务交给了波风水门，但是波风水门并不打算完全听从志村团藏的指示。
大蛇丸把波风水门带到了位于木叶和雨隐村战场不远的自己的基地中，他这是向波风水门展示自己的实力。
看着实验室中简陋的工具（这已经是现在忍界最先进的仪器了），波风水门心中毫无波澜。
大蛇丸对自己的这个弟子有些惊讶了，因为好像自己的弟子天生就应该是自己的弟子一样。
基地中的这些仪器，波风水门基本上都直接上手，并没有多少陌生的感觉。
虽然一开始因为生疏，并不流畅，但是用过几次之后比老手都熟练。
“有意思！”
大蛇丸伸出舌头舔了舔自己的嘴唇。
波风水门不是不想藏拙，但是谁让他是另一个世界中的漩涡一族的实验基地中的精英，虽然大部分时间是配合做实验，但是一些基本的实验员的素质他还是有的。
会就是会，根本无法隐藏。
大蛇丸本身是一个实用主义者，他并不会因为波风水门熟练的使用基地中的器材就不用他。
相反的，大蛇丸会狠狠地压榨波风水门，他要看看这个波风水门的极限在哪里。
很快大蛇丸就吃惊的发现自己小瞧了波风水门，因为波风水门有时候提出的一些论断是他从来没有想到过的。
“老师，你说忍者家族之间有没有一个隐藏的联系？宇智波和千手的能力应该是互补的吧？你看初代火影的仙人体，宇智波斑的永恒万花筒，这两个一个注重身体，一个注重精神，身体加精神才是最和谐的吧？”
大蛇丸点点头，他不得不承认波风水门的这个说法很有研究价值。
“水风，你会成为一个伟大的忍者的，天才的想法，再加上努力，为师看好你呦！”
大蛇丸很欣慰的点点头说到。
通过这些日子的互相磨合，大蛇丸越来越觉得自己把波门水风从根部要过来是对的了。
这个孩子头脑非常优秀，忍者才能也比现在在战争中名声雀起的旗木卡卡西优秀的多。
自己交给这个孩子的忍术，他也会在很短的时间内精通。
如果不是自己教了一些自己独创的忍术给这个弟子，自己甚至觉得这个孩子是自己老师变小了逗自己玩的。
这个波门水风最后一定能够超越自己，成为木叶的顶梁柱。
因为波门水风的存在，大蛇丸把目光看向了火影的位置。
如果自己因为不喜欢就放弃了火影的位置，那就是对自己的弟子的不负责，而且即使自己成为了火影，也可以以培养的借口让这个小家伙代替自己处理那些烦人的政务。
所以大蛇丸在给猿飞日斩的信中第一次表现出了自己对火影位置的野心。
三代火影猿飞日斩有些诧异自己弟子大蛇丸的转变，他很欣慰自己弟子的选择。
所以三代火影猿飞日斩觉得有必要警告一下自己的老搭档志村团藏了。
旗木茂朔就是因为功高震主被志村团藏的流言给击垮的，他不希望自己的弟子也会遭到这样的待遇。
尤其是志村团藏私底下做的那些事，大蛇丸充其量只是一个帮凶而已。
这时候有必要把大蛇丸从根部给摘出来了。
“日斩你会后悔的！”
志村团藏看着三代火影带着暗部突袭了根部基地，事发突然，很多的实验素材来不及销毁。
看着福尔马林罐子中漂浮的人类器官和婴儿，三代火影出离的愤怒了。
“志村团藏！看看你都干了什么！这些都还是孩子！”猿飞日斩怒斥志村团藏：“你的一切职务被免除了，等待你的只能是审判！”
“我这也都是为了木叶！你不能这样对我！我为木叶流过血，我为木叶立过功，我的眼睛，我的胳膊都是为木叶丢掉的……”
“那也不能成为你伤害别人的理由！我对你太失望了！”三代火影猿飞日斩打断志村团藏的话，然后吩咐：“来人，把志村团藏给我带下去，严加看守！”
志村团藏对猿飞日斩怒目而视，如果不是当初自己开口慢了一步，那么三代火影一定是自己的，有那么一瞬间志村团藏真想在这里杀掉志村团藏。
“嗯？”
三代火影猿飞日斩感受到了志村团藏身上的杀气，他表情非常严肃的从鼻子里哼出一个声音，雄浑的气势从他的身上爆发出来，现场一些弱小的忍者甚至因为承受不住他的气势而后退几步。
“日斩，你一定会后悔的！”
志村团藏收回自己的杀气，他知道自己的这个举动让猿飞日斩真的动了怒，对比了一下两个人的实力，志村团藏屈服了。
就这样志村团藏被圈禁了起来，根部也被三代火影并入了暗部。
根部的问题很多，因为战争的原因，来不及全部处理，只能暂时封存，等待战争结束在进行处理。